要系统地研究老鼠肺组织中的细胞和分子功能，可以遵循以下步骤：

1. **细胞的有效分离和标记:**

- **细胞分离:** 通过酶消化法，如使用胶原酶和DNAase处理肺组织，可以有效地分离肺部细胞。

- **流式细胞术:** 使用抗体标记不同类型的细胞表面标志物（如肺泡上皮细胞的T1α、肺间质细胞的Vimentin等）进行细胞分选。

- **荧光显微镜:** 将不同类型的细胞转染带有荧光标记的转基因，可以实时观察细胞功能。

2. **关键细胞因子和信号通路:**

- 主要细胞因子包括肿瘤坏死因子α（TNF-α）、干扰素γ（IFN-γ）等，它们参与调节炎症反应。

- 重要的信号通路包括NF-kB、JAK/STAT和TGF-β等，这些通路关乎细胞生死、增殖以及分化。

3. **转录组分析:**

- 通过RNA测序（RNA-Seq）技术，可获得肺组织在不同状态下的基因表达数据。

- 利用生物信息学工具如EdgeR或DESeq分析不同条件下的基因表达差异。

- 通过整合公共数据库，比如GEO或TCGA，对比和验证实验数据。

4. **炎症反应研究的实验模型和生物标记物:**

- **实验模型:** 利用LPS（脂多糖）诱导的急性肺炎模型，或使用肺炎克雷伯菌诱导慢性肺部感染模型。

- **生物标记物:** TNF-α、IL-6等细胞因子作为炎症反应的标志。

5. **研究外界刺激反应的技术和方法:**

- **环境暴露室:** 将实验动物置于特制的暴露室内，系统地模拟烟雾、气体等刺激。

- **组织芯片:** 能够在微尺度上模拟和测试肺组织对外界物质的反应。

- **全肺灌洗:** 分析灌洗液中的细胞和蛋白，评估肺部对外界刺激的反应。

通过结合分子生物学、细胞生物学、遗传学和生物信息学的方法，可以全面地研究老鼠肺组织中的细胞和分子功能，提高对肺部疾病机制的理解并推动相关疾病的治疗策略的发展。